Rui Agostinho formou-se em Física na Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (FCUL) e obteve o grau de doutor em Astronomia e Astrofísica na Universidade da Carolina do Norte em Chapel Hill (EUA), em 1992, com uma tese sobre a «A Evolução do Disco Espesso da Galáxia usando Espectros Obtidos com Prismas Objectivos».
Atualmente, a atividade de Rui Agostinho é focada tanto no impacto na vida na Terra da passagem do Sol nos braços galácticos, como nas questões do Ensino da Física e da Astronomia, área em que desempenha funções no DF-FCUL. Tem publicado em revistas internacionais e nacionais.
É professor no Departamento de Física da FCUL, foi fundador e Coordenador do Centro de Astronomia e Astrofísica desta Universidade em 2002, foi diretor do Observatório Astronómico de Lisboa e, atualmente, também é investigador do Instituto de Astrofísica e Ciências do Espaço, afeto à FCUL.
